La inulina es una fibra dietética que se comporta como prebiótico, lo que significa que llega al colon y sirve como sustrato para los microorganismos que lo habitan originando energía, sustratos metabólicos y micronutrientes. Los prebióticos además, estimulan el crecimiento selectivo de determinadas especies beneficiosas (bifidobacterias, lactobacilos, etc.). Se han reportado entre otros efectos beneficiosos de inulina el refuerzo del sistema inmunológico, regulación del tránsito intestinal, reducción del riesgo de cáncer de colon, aumento de la absorción de calcio y magnesio, disminución del colesterol sanguíneo, disminución de triglicéridos en sangre, mejoramiento de la respuesta glucémica y un bajo valor calórico (1,5 calorías/gramo)

Algunos ensayos en humanos, han puesto de manifiesto que la inulina y los fructooligosacáridos favorecen el crecimiento de bifidobacterias y lactobacilos disminuyendo el de bacteroides y clostridios